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dc.creatorRobbana, Cyrineen_US
dc.date2019-12-13en_US
dc.date.accessioned2020-01-12T08:55:30Z
dc.date.available2020-01-12T08:55:30Z
dc.identifierhttps://mel.cgiar.org/reporting/download/hash/19109b0d56d821053d65bf3b860f5427en_US
dc.identifier.citationCyrine Robbana. (13/12/2019). Structuration de la variabilité génétique et étude d’association pan-génomique des caroténoïdes utilisant la technologie DArTseq chez les populations locales de blé dur Tunisien.en_US
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.11766/10550
dc.description.abstractL’exploitation de la richesse allélique des populations locales de blé dur, qui sont bien adaptées à leur environnement d’origine, dans les programmes d’amélioration génétique est devenue une nécessité, pour faire face au changement climatique et pour répondre aux exigences du marché pour une bonne qualité de la semoule, particulièrement sur le plan richesse en caroténoïdes (pigments jaunes). Dans cette optique, les objectifs de cette thèse consistent à i) étudier pour la première fois la diversité génétique et la structure de la population de 196 lignées issues de six populations locales tunisiennes utilisant une nouvelle technologie de génotypage à très haut débit (DArTseq), ii) à évaluer le potentiel de ce germpolasme pour la richesse en caroténoïdes dans le grain, en investiguant les effets génétiques, environnementaux et interaction génotype*environnement dans les conditions climatiques tunisiennes et ii) à identifier chez ces populations locales des QTL associés à la teneur en caroténoïdes moyennant l’étude d’association pan-génomique (GWAS). La technologie DArTseq utilisée pour génotypager les 196 lignées, moyennant 16 148 marqueurs DArT polymorphes et informatifs, qui couvraient la totalité des génomes A et B, a montré une performance élevée. L’analyse de la structure de la population avec l’analyse discriminante des composantes principales (DAPC) a permis de distinguer cinq groupes avec les populations Mahmoudi et Biskri qui forment le même pool génétique, alors que la population Jenah Zarzoura qui constitue le groupe le plus distant. L'analyse de la variance moléculaire (AMOVA) a montré que la variation génétique était entre les populations locales plutôt qu’à l’intérieur de celles-ci. La DAPC des populations locales tunisiennes, méditerranéennes et de l’ouest de l’Asie a montré une similitude génétique entre les populations locales tunisiennes et nord-africaines, à l'exception de la population Jenah Zarzoura qui reste toujours la plus éloignée. Les analyses de caroténoïdes ont montré que les populations locales tunisiennes possèdent une grande variabilité pour la teneur totale en caroténoïdes (TCC) et pour l’indice du jaune (IJ). La comparaison des moyennes de l’indice du pigment jaune dans six environnements et de la teneur totale en caroténoïdes dans deux environnements a montré que certaines populations locales présentent d’une part des teneurs en caroténoïdes plus élevées que les variétés améliorées tunisiennes et d’autre part certaines lignées issues des populations I Jenah Khotifa ont des teneurs plus élevées que le meilleur témoin des lignées élites de l’ICARDA. L’héritabilité attendue H2 de l’indice du jaune et de la teneur totale en caroténoïdes dans tous les environnements est très élevée, allant de 0,72 à 0,95 et de 0,89 à 0,95, respectivement. Cette étude a pu montrer un effet génotype prédominant et une interaction environnement*génotype minime pour l’indice du pigment jaune. L’analyse de régression pas à pas a révélé que les composantes de rendement contribuent plus à l’augmentation de l’indice du pigment jaune, et plus particulièrement le rendement en grains (R 2 = 0.33, au seuil de signification 5%) a un effet direct et positif sur ce trait en utilisant l’analyse «path». L’étude d’association pan-génomique utilisant la technologie DArTseq chez la collection tunisienne de blé dur étudiée a permis d’identifier 29 QTL significativement associés à l’indice du jaune évalué dans six environnements, et 12 QTL significativement associés à la teneur totale des caroténoïdes évaluée dans deux environnements. Dans cette thèse, nous avons démontré que les populations locales Tunisiennes possèdent un potentiel pour la richesse en caroténoïdes dans tous les environnements, qui pourrait être utilisées dans des programmes d’amélioration génétique, ainsi que nous avons identifié de QTL stables pour l’indice du jaune et la teneur totale en caroténoïdes, qui pourront être utilisées dans la sélection assistée par marqueurs «Marker assisted selection ou MAS» pour les teneurs élevées en caroténoïdes dans les conditions environnementales Tunisiennes.en_US
dc.formatPDFen_US
dc.languagefren_US
dc.rightsCC-BY-NC-4.0en_US
dc.subjectgwasen_US
dc.subjectqtlen_US
dc.subjectdartseqen_US
dc.subjectcarotenoidesen_US
dc.subjectpopulations localesen_US
dc.subjectblé duren_US
dc.subjectdiversité génétiqueen_US
dc.subjectstructure de la populationen_US
dc.titleStructuration de la variabilité génétique et étude d’association pan-génomique des caroténoïdes utilisant la technologie DArTseq chez les populations locales de blé dur Tunisienen_US
dc.typeThesisen_US
cg.contributor.centerUniversity of Carthage, Faculty of Science - UCAR Tunis - FSen_US
cg.contributor.funderArab Fund for Economic and Social Development - AFESDen_US
cg.contributor.projectCOOPERATION PROGRAMS BETWEEN ICARDA AND THE NATIONAL AGRICULTURAL RESEARCH PROGRAMS OF ARAB COUNTRIESen_US
cg.contributor.project-lead-instituteInternational Center for Agricultural Research in the Dry Areas - ICARDAen_US
cg.coverage.regionNorthern Africaen_US
cg.coverage.countryTNen_US
cg.contactcyrine_rob@yahoo.fren_US
dc.identifier.statusOpen accessen_US
mel.project.openhttps://mel.cgiar.org/projects/194en_US


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